Năm 359, Mộ Dung Tuấn bị bệnh, bèn triệu Mộ Dung Khác đến, khuyên ông rằng thái tử Mộ Dung Vĩ còn nhỏ dại, không thể trị nước và quyết định giao ngôi vua cho ông, nhưng ông không đồng ý, bảo rằng mình cũng có thể phò tá cho Mộ Dung Vĩ. Vì thế Mộ Dung Tuấn từ bỏ ý định này.

Năm 360, bệnh tình của Mộ Dung Tuấn trở nặng, bèn triệu Mộ Dung Khác cùng Tư đồ Mộ Dung Bình, Tư không Vương Vụ và Lĩnh quân tướng quân Mộ Dư Căn cùng phụ chính cho Mộ Dung Vĩ mới 10 tuổi. Mộ Dung Khác được thăng làm Thái tể, Lục thượng thư sự và là người nắm nhiều quyền lực nhất. Tuy nhiên, sau khi Mộ Dung Tuấn mất, thái sư Mộ Dư Căn ý công lao, sinh ra kiêu ngạo, không phục Mộ Dung Khác và khởi binh làm loạn. Ngô vương Mộ Dung Thùy (em trai thứ năm của Mộ Dung Khác) khuyên khoan ông giết chết Mộ Dư Căn để yên ổn tình hình trước. Do đó Mộ Dung Khác tạm bỏ qua việc này. Tuy nhiên, Mộ Dư Căn không chịu bỏ qua, lại thượng tấu với thái hậu Khả Tồn Húc và Mộ Dung Vĩ rằng Mộ Dung Khác muốn đoạt ngôi, xin cho mình đưa quân trừ đi, nhưng Mộ Dung Vĩ không nghe. Cùng thời điểm đó, Tiền Yên đã dời đô từ Long Thành[12] tới Nghiệp Thành mà Mộ Dư Căn còn nhớ tới quê cũ, lại xin thái hậu dời đô về Long Thành. Việc dời đô này làm ảnh hưởng đến việc nước Yên chinh phạt Trung Nguyên. Mộ Dung Khác biết được bèn cùng Mộ Dung Bình kể tội Mộ Dư Căn và diệt tộc ông này.

Hoàng đế nhỏ tuổi mà trong cung vừa có biến loạn, nhưng Mộ Dung Khác vẫn sinh hoạt như thường, không hề tăng thêm quân phòng vệ để làm an định lại tình hình. Thấy ở Nghiệp Thành khó tiếp cận được với các châu quận khác, nên cuối 360, Mộ Dung Khác cử Mộ Dung Thùy đến phía nam, vùng Trấn Lễ Đài[13] cùng Phó Nhan đưa quân đánh dẹp các cuộc bạo loạn sau cái chết của Mộ Dung Tuấn, do đó tình hình lại yên ổn.